Bouma’s totaal kwam uit 79 ballen toen Zuid-Afrika 190-2 plaatste als antwoord op de Nederlandse 189.
Aidan Markram was ongeslagen op 102 en Bauma op een ongeslagen 51 om Zuid-Afrika naar de overwinning te leiden met 20 overs over.
De Nederlanders sloegen op een ongewoon koude dag in het Highveld en de hoogte hielp hen, ze begonnen goed met 58 van 66 ballen voordat ze hun eerste wicket verloren.
Maar door het ontslag van Max O’Dowd kreeg hij een voorsprong op Sisanda Makala Quinton de KockHet momentum trok aan en de Nederlanders konden geen winstgevende samenwerking meer krijgen.
Opener Vikramjit Singh scoorde 45 van 53 ballen in zijn innings en Deja Nidamanuru op nummer 6 scoorde 48 punten.
Off-spinner Tabriz Shamsi pakte 3-25, gesteund door Seemer Mahala met 3-37 toen Nederland werd uitgeschakeld in 46,1 overs.
De overwinning bracht Zuid-Afrika met 10 punten naar de negende plaats in de World Cup Super League, wat zorgt voor acht automatische kwalificatiewedstrijden voor het WK in India later dit jaar.
Een overwinning voor Zuid-Afrika betekent dat Sri Lanka buiten de top acht van de ranglijst zal eindigen en zal moeten deelnemen aan de kwalificatiewedstrijden van juni in Zimbabwe, waar nog twee WK-plaatsen voor het oprapen liggen.
Als Zuid-Afrika zondag de laatste kwalificatie-ODI tegen de Nederlanders op Wanderers wint, wordt West-Indië ook uit de top acht gedwongen om deel te nemen aan de kwalificaties.
Ierland heeft de enige kans op automatische kwalificatie, maar heeft drie sterke overwinningen nodig tegen Bangladesh wanneer ze hen in mei in Chelmsford ontvangen om Zuid-Afrika voor te blijven in het Super League-klassement.